정부 감세법안의 핵심이자 여야 간 공방의 중심에 서 있던 종합부동산세 개편안이  합의됐다.
주택분 과세기준 6억원을 유지하되, 1세대 1주택자에 대한 3억원의 기초공제를 인정했고 과표 구간 및 세율을 높은 구간만 미세 조정하는 선에서 마무리됐다.
특히 헌법재판소의 결정에 따라 초미의 관심사가 된 1주택 장기보유자에 대해서는 5년 이상에 대해 2단계로 나눠 세액을 공제하는 것으로 합의점을 찾았고 지방소재 1주택자에 대해선 아예 종부세 과세대상에서 제외하는 방안이 추가됐다

과세기준을 9억원으로 상향 조정하겠다는 정부안은 민주당은 물론 한나라당 내부에서도 반론이 많았다. 이는 종부세 논란의 핵심이었다고 해도 과언이 아니었다.

더욱이 헌재가 세대별합산이 위헌이라고 판시하면서 공동명의 1주택자와 단독명의 1주택자에 대한 형평성 논란까지 가세했다.

이에 따라 정부는 6억원을 유지해 민주당의 입장을 수용하면서 1세대 단독명의 1주택자에 대해서는 3억원의 기초공제를 적용, 사실상 과세기준이 9억원으로 상향 조정하는 혜택을 주기로 했다.

과세기준이 1주택자와 다주택자가 각각 9억원과 6억원으로 이원화된 셈이다.

주택분 과표구간 및 세율의 경우 정부는 현재 '3억-14억-94억원이하-94억원초과' 등 4개 구간에 걸쳐 각각 1-1.5-2-3%에서 '6억-12억원이하-12억원초과' 등 3개 구간에 0.5-0.75-1% 세율로 바꾸려 했지만 최상위 구간에서 수정이 이뤄졌다.

'6억-12억-50억-94억원이하-94억원초과' 등 5개 구간에 걸쳐 0.5-0.75-1-1.5-2%로 바뀐 것이다. 결과적으로 50억원 이하에서는 정부안을 그대로 살려뒀지만 50억원 초과 구간을 두 단계로 나눠 세율을 높인 것이다.

헌재가 현행 종부세가 다주택자와 차별화하지 않고 1주택 장기보유자에 대한 일률적, 획일적으로 과세하고 있는 점에 대해 헌법 불합치 결정을 내리면서 쟁점이 됐던 장기보유자에 대한 혜택도 추가됐다.

애초 장기보유의 기준을 놓고 3년, 5년, 8년, 10년 등 다양한 안이 제시됐지만 여야는 5년 이상 10년 미만에 대해 20%, 10년 이상에 40%의 추가 세액공제를 적용하기로 했다.

특히 헌재는 세수 감소 등을 우려해 헌법 불합치 판정을 2010년분부터 반영토록 했지만 여야는 올해분부터 소급적용키로 하면서 인별 합산으로 바로 혜택을 보는 대상자와 형평성을 맞춘 점이 눈에 띈다. 올해분 환금액은 80억원 가량이다.

아울러 1세대 1주택 고령자에 대한 공제제도는 정부안대로 60세 이상에 대해 연령별로 3단계에 걸쳐 10~30%의 세액공제를 제공키로 했다. 이 제도는 특히 애초 계획보다 1년 앞당겨 올해분부터 시행되면서 환급이 이뤄질 전망이다.